Tα απολιθώματα που βρίσκουμε στην Ενότητα της Πίνδου είναι κυρίως μικροαπολιθώματα που ανήκουν είτε στα πελαγικά τρηματοφόρα είτε στα ραδιολάρια πυριτιόσπογγους. Τα πελαγικά τρηματοφόρα απαντούν σε αφθονία στους ασβεστολίθους ενώ οι πυριτιόσπογγοι στους κερατολίθους. Η μελέτη τους γίνεται μόνο κάτω από το μικροσκόπιο και συχνά χρησιμοποιείται και το ηλεκτρονικό μικροσκόπιο. Τα μεγάλα τρηματοφόρα όπως οι Globotruncanes του Άνω Κρητιδικού και οι Rosalines του Κάτω Κρητιδικού είναι ορατές και στο ύπαιθρο με μεγενθυτικό φακό Χ 10 (λούπα). Μεγαλο απολιθώματα του γένους Halobia απαντούν μόνο στον βαθύτερο σχηματισμό των Άνω Τριαδικών πελαγικών ασβεστολίθων. Tα απολιθώματα έχουν αντιστοιχηθεί με τους στρωματογραφικούς ορίζοντες της στρωματογραφικής στήλης της Πίνδου στα αριστερά.